新疆农业大学校友会成立于1999年12月4日，设立校友工作办公室作为校友会的专职工作机构。2012年8月学校成立了“新疆农业大学教育发展基金会”挂靠校友会开展工作。2016年荣获中国高等教育学会校友工作研究分会颁发的“全国第四届高校校友工作优秀单位”荣誉称号。学校校友会是中国高等教育学会校友工作研究分会新疆高校唯一一家常务理事单位。

校友会以“为校友成才服务、为母校发展服务、为社会进步服务”的“三服务”为工作理念和目标,全面推动学校立体化校友网络工作站建设。网络工作站包括学校校友会工作领导小组、校友总会理事会、二级院(系)校友分会、各地区校友会和全方位网络信息平台，逐步形成领导重视、总会统筹、分会协调、部门合作，各地区校友会联动的校友工作模式。通过有效的整合，因地制宜地开展校友活动并搭建校友与学校合作发展的桥梁，在各地校友中逐渐形成了以农大精神为核心的整体校友文化，增进了校友们的联系及对母校的认同，并在促进学校发展和进一步提高学校的知名度和影响力等方面发挥了重要作用。