学校现有老满城、亚心、陆港、天格尔等四个校区，谢家沟草地试验站、呼图壁牧草试验示范站等7个校属实习基地和329个校外教学实习基地。其中，老满城校区（校本部）占地面积约1500亩，亚心校区占地面积约500亩，陆港校区占地面积约4000亩，天格尔校区（实习林场）占地面积约15万亩。

老满城校区

座落在新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐雅玛里克山脚下，巩宁古城遗址上的新疆农业大学（老满城校区），是新疆维吾尔自治区重点建设的一所以农业科学为优势和特色的大学。学校前身为八一农学院，是经毛主席和中央军委同意，由王震将军于1952年在中国人民解放军第二步兵学校的基础上创建的，学校隶属于新疆军区，是新中国成立后新疆建立的第一所本科院校。首任院长为涂治（中国科学院学部委员），由王震、王恩茂等同志任命；第一副院长杨捷（时任新疆军区副参谋长）、第二副院长孟梅生由彭德怀和习仲勋同志任命。1958年划归新疆维吾尔自治区人民政府，更名为新疆八一农学院。1995年经国家教委批准，更名为新疆农业大学。2006年获教育部本科教学工作水平评估“优秀”。2012年入选中西部高校基础能力建设工程高校。2014年获自治区人民政府、原国家林业局共建。

亚心校区

亚心校区地处亚心腹地，坐落于西山大学城（乌鲁木齐市沙区西山新镇聚安路888号），距离乌鲁木齐市中心25公里。是原新疆农业大学科学技术学院根据教育部“独立学院办学面积不少于500亩”的要求，于2014年购置。该校区2016年6月开工建设。2017年10月新校区正式投入使用。2021年9月27日，原科技学院所在的西山校区正式更名为新疆农业大学亚心校区（以下简称“亚心校区”）。

2021年8月，校党委根据“一校四区”总体部署安排，在亚心校区成立亚心校区管理委员会办公室和新生学院两个处级机构（含科技学院）三个实体。亚心校区管委会办公室共有教职工36人，李全棋同志担任主任、迪力夏提·斯热依力同志担任副主任。2021年9月，成立亚心校区管委会办公室直属党支部，经选举，产生第一届领导班子5人，李全棋同志为党支部书记，迪力夏提·斯热依力同志为党支部副书记，苏向辉同志担任组织（统战）委员，胥娟同志担任宣传委员、祝汉宇同志担任纪检委员。

管委会办公室下设党政办公室、安全保卫科、后勤保障科三个科室。代管科技学院财务管理部、图书阅览中心、计算机信息中心三个部门。截止2021年12月，亚心校区共有教职工147人。按照组织分配与个人志愿结合的原则对科技学院教职工进行了调配，其中亚心校区管委会办公室36人。各类工勤、劳务派遣、商服人员370人。

陆港校区

陆港校区前身为八一农学院三坪教学实习农场。实习农场于1979年9月由新疆师范大学三坪农场划归八一农学院管理，为学校教学、科研、实习提供相关服务和场所。农场为八一农学院下属的自收自支的企业。三坪实习农场先后历经校林学院、新疆驰贝德（澳大利亚）有限公司、校办产业管理处管理。2009年6月，三坪实习农场在自治区编委登记为自收自支的事业单位分支机构。2011年1月，经自治区编委批准成立三坪校区管委会办公室。2021年7月，三坪校区管委会办公室正式更名为新疆农业大学三坪教学实践基地（陆港校区管理委员会办公室）。下设党政办、保卫科、综合科，承担着基地的安全维稳和生产、物业管理等教学实习服务任务。截止2021年12月，共有教职工25人，在编23人（含待岗1人），自聘2人。

天格尔校区

天格尔校区地处天山山脉中部，距乌鲁木齐110公里。南北长38公里，东西宽17公里，略呈长三角形。地理坐标为北纬43°16′-43°26′；东经86°46′-86°57'。林区道路55公里，管辖区总面积151407.8亩，林业用地面积78426.5亩，森林覆盖率51.65%，森林蓄积量89.2万m³。

天格尔校区前身是新疆农业大学实习林场，实习林场成立于1960年1月，为独立核算、自负盈亏，具备独立法人资格的自收自支事业单位。1960年自治区林业厅按国务院批准的林业部文件将小渠子林地9个林班4426.1公顷划归学校作为林学院师生教学、科研和生产实习的基地。2021年8月学校设置为新疆农业大学天格尔校区，为副处级单位。2021年12月注销《企业法人营业执照》。实习林场设党政办公室、财务室、护林防火办公室、资源林政办公室。林区设有晋涝坝管护所、大草滩管护站和东南沟管护站。截至2021年12月，校区有职工18人。