2012年8月学校成立了“新疆农业大学教育发展基金会”，挂靠校友会开展工作。充分发挥好“新疆农业大学教育发展基金会”的平台作用，积极主动吸纳校友及社会公益捐赠，基金会实现了留本基金每年增长3%以上的责任目标。通过设立专项基金鼓励相关单位寻求社会资金，使现有基金发挥其作用，推动新疆农业大学教学、科研以及高新技术开发事业的长远发展。2018年基金会认定为慈善组织。2011年至今，基金会接受各类定向捐赠1670.8万元。